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Tipo do documento: Dissertação
Título: MAPEAMENTO FÍSICO DE GENES EXPRESSOS DE Anopheles darlingi ROOT, 1926 E SUA ANÁLISE in silico EM Anopheles gambiae GILES, 1902 (DIPTERA: CULICIDAE)
Autor: Bridi, Letícia Cegatti 
Primeiro orientador: Rafael, Míriam Silva
Primeiro membro da banca: Astolfi Filho, Spartaco
Segundo membro da banca: Gaiesky, Vera Lúcia da Silva Valente
Terceiro membro da banca: Rohde, Cláudia
Quarto membro da banca: Loreto, Elgion Lucio da Silva
Quinto membro da banca: Vincentz, Michel Georges Albert
Resumo: Na região Amazônica brasileira ocorrem cerca de 99,7% dos casos de malária do Brasil, onde o principal vetor é o Anopheles darlingi. Em 2007, na região da Amazônia Legal, foram relatados aproximadamente 185 mil casos da doença. Há a necessidade de estudos para o entendimento do genoma funcional do A. darlingi, considerando a pouca quantidade de sequências de genes expressos disponíveis em bancos genômicos públicos na Internet. As Etiquetas de Sequências Expressas (Expressed Sequence Tags-EST) de A. darlingi, obtidas por meio de construções de bibliotecas de cDNA foram mapeadas por hibridização in silico em cromossomos de Anopheles gambiae, a fim de comparar virtualmente suas localizações cromossômicas. A hibridização in silico foi realizada a partir do downloading de clusters e singlets de bibliotecas de cDNA de A. darlingi, depositadas no banco de dados do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), para um ambiente virtual com parâmetros pré definidos. As sequências gênicas de A. darlingi e A. gambiae foram submetidas ao programa Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) a fim de reconhecer regiões com similaridade entre essas espécies. Os dados foram submetidos ao programa ARTEMIS , para visualização das regiões hibridizadas. Os clusters e singlets foram hibridizados nos 3 cromossomos de A. gambiae. No cromossomo X, foram hibridizados 13 clusters. No cromossomo 2, braço 2R, 64 clusters; no braço 2L, foram hibridizados 40 clusters. No cromossomo 3, no braço 3R, foram hibridizados 45 clusters, e no braço 3L, 34 clusters. As sequências homólogas encontradas foram agrupadas por categoria geral de função do COG, dentre as quais, a categoria geral Armazenagem e Processamento de Informações foi a mais frequente, com maior número de sequências (36%). Entre os contigs e singlets hibridizados, detectou-se reads tais como genes de Actina, genes ribossomais e sequências gênicas desconhecidas e/ou hipotéticas. Além destes genes expressos, detectou-se similaridade das ESTs de A. darlingi com sequências de outros organismos: Aedes aegypti, Drosophila melanogaster e Culex spp. Tais resultados auxiliarão estudos futuros no conhecimento da sintenia dos genes em termos evolutivos além de poder auxiliar no controle da malária de forma a localizar genes de resistência a inseticidas nos vetores. Foi aplicada também, a metodologia de hibridização in situ nos cromossomos politênicos de A. darlingi, cuja marcação dos cDNAs foram feitas por Nick translation (Invitrogen®). Os cromossomos, contendo os sinais das sondas foram corados com DAB (diaminobenzidine tetrahydrochloride - Sigma, Cat. No. D-5637). As microfotografias foram obtidas em microscópio de luz Axioplan Zeizz epifluorescente, com campo claro e contraste de fase. As sondas que demonstraram sinais de hibridização foram as seguintes: Lisozima, cuja hibridização ocorreu no braço cromossômico 2R, seções 8C e 8D; Troponina, cuja marcação localizou-se no braço 2R, seção 14B; Actina, cuja hibridização localizou-se no braço 2L, seção 23 e a Glutationa Transferase que hibridizou no braço 2L, seção 16C. O presente mapeamento cromossômico físico, utilizando sondas de ESTs, de A. darlingi representa uma oportunidade única para compreender a estrutura e organização do seu genoma bem como a diversificação evolutiva e variabilidade cromossômica desse importante vetor da malária no Brasil. Considerando a grande capacidade de transmissão da malária e resistência a inseticidas sintéticos por A. darlingi, o mapeamento in situ de ESTs em seus cromossomos politênicos poderá auxiliar em ações futuras para uma estratégia racional e seletiva de controle de A. darlingi vetor da malária, especialmente na Amazônia.
Abstract: In the Brazilian Amazon region there are approximately 99.7% of malaria cases in Brazil, where the main vector is Anopheles darlingi. In 2007, the Legal Amazon region, was reported about 185 thousand cases of the disease. There is a need for studies to the understanding of the functional genome of A. darlingi, considering the low amount of expressed gene sequences available in public genomic databases on the Internet. The Expressed Sequence Tags (Expressed Sequence Tags-EST) A. darlingi, obtained by construction of cDNA libraries were mapped by in silico hybridization in chromosomes of Anopheles gambiae, to compare virtually their chromosomal locations. Hybridization was performed in silico from the downloading of clusters and singlets from cDNA libraries of A. darlingi, deposited in the database of the Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), to a virtual environment with pre-defined parameters. The gene sequences of A. darlingi and A. gambiae were submitted to the program Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) to recognize regions with similarity between these species. The data were submitted to the "ARTEMIS", to visualize the hybridized regions. The clusters and singlets were hybridized to chromosomes 3 of A. gambiae. In the X chromosome, were hybridized 13 clusters. Chromosome 2, arm 2R, 64 clusters; arm 2L, were hybridized 40 clusters. Chromosome 3, the arm 3R, were hybridized 45 clusters, and the arm 3L, 34 clusters. The homologous sequences were grouped by general category of function of the COG, among which, the general category of "Storage and Processing of Information" was the most frequent, with the largest number of sequences (36%). Among the contigs and singlets hybridized, detected reads like actin genes, ribosomal genes and gene sequences unknown and / or hypothetical. In addition to these genes expressed, detected similarity of the ESTs of A. darlingi with sequences of other organisms: Aedes aegypti, Drosophila melanogaster and Culex spp. These results will help future studies on the knowledge of synteny of genes in evolutionary terms and they could help control malaria in order to locate genes for resistance to insecticides in vectors. It also applied the methodology of in situ hybridization in polytene chromosomes of A. darlingi, the marking of cDNAs were made by Nick translation (Invitrogen ®). The chromosomes containing the signals of the probes were stained with DAB (diaminobenzidine tetrahydrochloride - Sigma, Cat No. D-5637). Photomicrographs were obtained under a light microscope Axioplan epifluorescent Zeizz with brightfield and phase contrast. The probes that showed signs of hybridization were as follows: Lysozyme, which hybridization occurred in the chromosome arm 2R, sections 8C and 8D; Troponin whose labeling was located in the arm 2R, section 14B, Actin, the hybridization was located in the 2L arm , section 23 and Glutathione Transferase that hybridized arm 2L, section 16C. This physical mapping of chromosomes, using probes ESTs, A. darlingi represents a unique opportunity to understand the structure and organization of its genome and the evolutionary diversification and chromosomal variability of this important vector of malaria in Brazil. Considering the great capacity of malaria transmission and resistance to synthetic insecticides on A. darlingi, the in situ mapping of ESTs in their polytene chromosomes may help in future actions for a rational and selective control of A. darlingi vector of malaria, especially in the Amazon.
Palavras-chave: Anopheles darlingi
Mapeamento físico
Hibridização in silico
Área(s) do CNPq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA
Idioma: por
País: BR
Instituição: Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia
Sigla da instituição: INPA
Departamento: Genética, Conservação e Biologia Evolutiva
Programa: Genética, Conservação e Biologia Evolutiva
Citação: BRIDI, Letícia Cegatti. MAPEAMENTO FÍSICO DE GENES EXPRESSOS DE Anopheles darlingi ROOT, 1926 E SUA ANÁLISE in silico EM Anopheles gambiae GILES, 1902 (DIPTERA: CULICIDAE). 2009. 99 f. Dissertação (Mestrado em Genética, Conservação e Biologia Evolutiva) - Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, Manaus, 2009.
Tipo de acesso: Acesso Aberto
URI: http://localhost:8080/tede/handle/tede/680
Data de defesa: 25-Set-2009
Aparece nas coleções:Mestrado - (GCBEv)

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