Exportar este item: EndNote BibTex

Use este identificador para citar ou linkar para este item: http://bdtd.inpa.gov.br/handle/tede/688
Tipo do documento: Dissertação
Título: VALIDAÇÃO DO DNA BARCODING COMO IDENTIFICADOR DE ESPÉCIES: UM ESTUDO DE AMPLA AMOSTRAGEM COM O GÊNERO Pseudoplatystoma (SILURIFORMES; PIMELODIDAE) NA AMAZÔNIA
Autor: Ortiz, Mauro de Freitas 
Primeiro orientador: Gomes, Jose Antônio Alves
Primeiro coorientador: Hrbek, Tomas
Primeiro membro da banca: Porto, Jorge Ivan Rebelo
Segundo membro da banca: Gross, Maria Claudia
Terceiro membro da banca: Ribas, Camila Cherem
Resumo: O DNA Barcoding é uma metodologia na qual se pressupõe que um pequeno fragmento de DNA pode ser utilizado como um identificador padronizado e único, tal como um código de barras, para identificação de espécies, servindo tanto na identificação de espécies já descritas, como auxiliando na descoberta de novas espécies. O principal pressuposto para a sua efetividade é de que as divergências intraespecíficas sempre sejam menores que as interespecíficas, o que se chama de barcoding gap. A monofilia recíproca das espécies seria então o principal determinante para a existência deste. Entre os fatores que irão determinar a existência da monofilia recíproca e consequentemente eficiência do DNA Barcoding estão a diversidade intraespecífica e a estruturação populacional. Poucos testes empíricos para avaliação do DNA Barcoding foram realizados no intuito de validálo. Neste trabalho foi usado um gênero de peixes neotropicais como modelo em testes de validação do DNA Barcoding. Num primeiro momento foi referendado um banco de dados que continha apenas sequências de amostras com referenciais em imagens. Este obteve 100% de identificação correta entre as identificações a priori e o resultado da identificação a posteriori do DNA Barcoding. Desta forma podemos usar o DNA Barcoding para identificação a posteriori de amostras sem referenciais em imagens ou até mesmo de origem desconhecida com confiança. Então, num segundo momento, foram acrescidas as sequências de amostras sem referências em imagens e o banco de dados somou 229 sequências. Este obteve 91,26% de identificação correta entre as espécies identificadas a posteriori pelas sequências e a identificação atribuída a priori. O aparente resultado de ineficiência do DNA Barcoding foi atribuído a erros de identificação a priori em virtude da confiabilidade do primeiro banco, aos altos valores de confiança que sustentam os clados na árvores de distâncias e a clara presença do barcoding gap. Todas as espécies de Pseudoplatystoma mostraram-se monofiléticos e as divergências intraespecíficas sempre foram inferiores as interespecíficas, ou seja, foi verificado o barcoding gap em todos os casos. Desta forma, este trabalho contribui na validação da eficácia do DNA Barcoding na identificação de espécies, em especial de peixes.
Abstract: DNA Barcoding is a methodology in which one assumes that a small fragment of DNA can be used as a standard and unique identifier, such as a barcode for species identification, serving both in the identification of species already described, and in assisting in discovery of new species. The main precondition for its effectiveness is that intraspecific differences are always smaller than interspecific, which is called the barcoding gap. The reciprocal monophyly of species would then be the main determinant for its existence. Among the factors that will determine the existence of reciprocal monophyly and hence efficiency of DNA Barcoding are intraspecific diversity and population structure. Few empirical tests of DNA Barcoding were undertaken to validate it and its premises. In this study we used a genus of Neotropical fishes as a model for validating DNA Barcoding. In the first series of tests we used a database that contained only sequences from samples with references to images. This yielded 100% correct identification identifications between a priori identification and a posteriori identification based on DNA Barcoding. Thus we can confidently use DNA Barcoding for the a posteriori identification of samples without reference to images or even samples of unknown origin. In the second set of tests unreferenced sequences were added to database; the sequence database totaled 229 samples. In this study we obtained 91.26% correct identification of a priory identified species. The apparent inefficiency of DNA Barcoding has been attributed to errors in identifying specimens a priori because of the reliability of the first database, the high confidence values that support the clades in the first analysis, and the clear presence of the barcoding gap. All species of Pseudoplatystoma proved to be monophyletic and intraspecific differences were always lower than the interspecific, i.e. the barcoding gap was observed in all cases. Thus, this study contributes to the validation of the efficacy of DNA Barcoding in identifying species, especially fishes, in the Amazon basin.
Palavras-chave: Pseudoplatystoma
Genética de populações
Marcadores genéticos
DNA Barcoding
Pimelodidae
Área(s) do CNPq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA
Idioma: por
País: BR
Instituição: Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia
Sigla da instituição: INPA
Departamento: Genética, Conservação e Biologia Evolutiva
Programa: Genética, Conservação e Biologia Evolutiva
Citação: ORTIZ, Mauro de Freitas. VALIDAÇÃO DO DNA BARCODING COMO IDENTIFICADOR DE ESPÉCIES: UM ESTUDO DE AMPLA AMOSTRAGEM COM O GÊNERO Pseudoplatystoma (SILURIFORMES; PIMELODIDAE) NA AMAZÔNIA. 2010. 73 f. Dissertação (Mestrado em Genética, Conservação e Biologia Evolutiva) - Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, Manaus, 2010.
Tipo de acesso: Acesso Aberto
URI: http://localhost:8080/tede/handle/tede/688
Data de defesa: 11-Mar-2010
Aparece nas coleções:Mestrado - (GCBEv)

Arquivos associados a este item:
Arquivo TamanhoFormato 
Dissertacao_Mauro_Ortiz.pdf1,86 MBAdobe PDFBaixar/Abrir Pré-Visualizar


Os itens no repositório estão protegidos por copyright, com todos os direitos reservados, salvo quando é indicado o contrário.